spa połczyn zdrój opinie

Przeprowadziliśmy analizę porównawczą TFBS na homologicznych sekwencjach DNA z różnych gatunków (rVISTA 2.0; zPicture) i zidentyfikowaliśmy wysoce konserwatywne TFBS (dodatkowa tabela 2 i dodatkowe rysunki 3 i 4). Wśród tych wykryto motywy SOX5, SOX9, PBX1, AP1 i HOXA. Wiadomo, że wszystkie regulują rozwój pączków kończyn i chondrogenezę (patrz odnośnik 31). W oparciu o znaczące wzbogacenie H3K4me1, najliczniej występujące interakcje 6C i analizę in silico, wybraliśmy 3 CRE do dalszych eksperymentów: re70373 dla SOX9 i re18527 oraz re52431 dla PTHLH (Figura 2, A i B). re52431 na chromosomie 12q współdziała z transem SOX9in. Aberracje chromosomowe (dup i del) u 3 pacjentów z niskim wzrostem i skróconymi paliczkami w bazie danych DECIPHER dotyczącej nierównowag chromosomalnych i fenotypów (nr pacjenta 248901, 248785 i 250426) obejmowały region re52431, który wskazuje, że region jest ważny podczas chondrogenezy . Sprawdzanie poprawności wyników 6C. Nowe biblioteki 6C potwierdziły powtarzalność techniki 6C. W celu określenia błędu, kontrolą była ludzka limfoblastoidalna linia komórkowa (LCL), marginalnie wyrażająca SOX9 i PTHLH (Figura 1E). W bezpośrednim podejściu PCR oligonukleotydy były wyrównane w każdym z 3 wybranych CRE i wewnątrz promotora PTHLH lub SOX9. Rozmawialiśmy o działaniu chondrogennym w cis i trans (rysunek 2C). W LCL re18527 nie oddziaływuje wzajemnie, a re52431 wykazuje znacznie mniejszą interakcję w teście P2, z PTHLH lub SOX9. re70373 wchodzi w interakcję z SOX9 w obu liniach komórkowych, o 1,64 Mb więcej w dół niż poprzednie zgłoszenie CRE dla SOX9 (9). Wyższe częstotliwości interakcji w C28 / I2 w porównaniu z tymi w LCL argumentowały za detekcją specyficznych dla chondrogenów CRE. Ze względu na interakcje cis i trans-chromosomalne re52431, nazwaliśmy ten regulator CISTR-ACT. Odległości między zidentyfikowanymi 6C CRE i związanym z nimi promotorem genu były znacznie większe niż wcześniej podano (17). re70373 był 2,74 Mb w dół od SOX9. re18527 był 9.48 Mb w górę strumienia, a CISTR-ACT 24.43 Mb w dół, z PTHLH (Figura 2D). Skonstruowaliśmy reportery lucyferazy ze specyficznymi sekwencjami promotora SOX9 i PTHLH poniżej re70373, re18527 i CISTR-ACT w celu zbadania ich potencjału wzmacniającego. Ponieważ te ostatnie znaleziono w połączeniu z PTHLH w 6C, skonstruowaliśmy plazmidy kompozytowe: CISTR-ACTF reprezentował wszystkie zidentyfikowane TFBS, podczas gdy CISTR-ACTS był z najbardziej konserwatywnej części (Suplementowa Figura 4). Zaobserwowano znaczące zwiększenie aktywności reportera lucyferazy dla wszystkich konstruktów CRE-PTHLH i CRE-SOX9. re70373 w połączeniu z CISTR-ACTS i CISTR-ACTF zwiększyły aktywność promotora SOX9 odpowiednio 2,5- i 3,8-krotnie (Figura 2E). CISTR-ACTS i CISTR-ACTF aktywowały promotor PTHLH mniej skutecznie niż SOX9. Kombinacja re18527 z CISTR-ACTS lub CISTR-ACTF wykazała dodatkowy wpływ aktywacyjny na promotor PTHLH (Figura 2F). Fizycznie wykrywalne w interakcjach cis lub trans. Aby zaadresować przestrzenne pętle chromatyny, które mogą tworzyć się między wybranymi CRE i promotorami jako warunek regulacji genów, przeprowadziliśmy kolokalizację FISH na jądrach C28 / I2 (8). Uchwyciliśmy 80 jąder w każdym eksperymencie i przeanalizowaliśmy odległości sygnału mniejsze niż .m. Sygnały kolokacji Bona fide zlewały się poniżej 0,27 .m (test sumy rang Manna-Whitney a, Figura 3A). W przypadku kontroli negatywnej, wybraliśmy interweniujące sondy pomiędzy genem i CRE i równorzędne lokalizacje z CRE w innym kierunku na chromosomie 12 lub 17 (Suplementowa Figura 5). Rysunek 3Colocalizacja-FISH. (A) Przykłady kolokalizowanych vs. oddzielnych par sygnału w jądrach C28 / I2 (odległości w .m, paski skali: 2 .m). (B) Zgromadzone sprzężone sygnały znaleziono we wszystkich doświadczeniach
[przypisy: kalprotektyna, kłykciny kończyste objawy, kłykciny kończyste leczenie ]