pasy wyszczuplające wibrujące forum

Pokazane są odległości genomowe między sondami (w Mb); Do określenia istotności zastosowano test Manna-Whitneya. PTHLH znajdował się w fizycznej bliskości re8527 w porównaniu z kontrolą negatywną re18527, z 9.5-MB równo-kierunkową sondą w górę strumienia 12p (1). (C) CISTR-ACT znacząco wykazał interakcję z PTHLH w porównaniu z 3 kontrolami. PTPLAD1 nie został wyrażony w C28 / I2. (D) re70373 był marginalnie w przestrzennej bliskości SOX9. (E) Istotne w transakcjach CISTR-ACT z SOX9. W kontrolowaniu SOX9 za pomocą sondy chromosomu 15q (1), tylko 2 pary sygnałów miały odległości mniejsze niż .m. Zmierzone odległości pomiędzy re852727 i PTHLH były znacznie krótsze niż ujemne próby kontrolne (P = 9,31 x 10-3, Figura 3B i dodatkowa Figura 5A). W celu zbadania odległości cis równej 24,43 Mb pomiędzy PTHLH i CISTR-ACT, pary sond o zgodnych odległościach genomowych na chromosomie 15 wokół białkowej domeny podobnej do fosfataz tyrozynowych typu A zawierającej locus (PTPLAD1) zastosowano jako dalsze kontrole. PTPLAD1 nie został wyrażony w C28 / I2. W porównaniu ze wszystkimi kontrolami, CISTR-ACT znajdował się w bliskości przestrzennej do PTHLH (Figura 3C i Dodatkowa Figura 5A). Kolokalizacja elementu re70373 i SOX9 była zaledwie znacząca; interweniująca sonda wykryła bli.szą bliskość (P = 0,028, Figura 3D i dodatkowa Figura 5B). Kontakt trans SOX9 . CISTR-ACTin porównywano z parami chromosomu SOX9a 12q i SOX9a 15q chromosomu (Figura 3E). Co więcej, dwie pary sond SOX9 z pozycjami na chromosomie znajdującym się na zewnętrznym jądrze (3, nie wykazały odległości przestrzennej mniejszej niż 1.m. We wszystkich przypadkach CISTR-ACT miał istotny kontakt z SOX9. Domniemany chromosom 12 z 17 translokacjami został wykluczony w metafazie FISH (Supplemental Figure 5C). Analiza statystyczna wykazała nieokreślone odległości sygnału, ale specyficzne oddziaływania cIS lub trans CISTR-ACT z PTHLH lub SOX9 wystąpiły w ułamku komórek. Rozkłady częstotliwości kolokalizowanych lub bardzo bliskich sygnałów były istotnie wyższe w pomiarach eksperymentalnych niż w kontroli ujemnej (tabela 1). Ogólnie, odległości genomiczne między promotorem a CRE były odwrotnie proporcjonalne do częstotliwości interakcji w komórkach. Zgodnie z wynikami 6C dane FISH wykluczyły możliwość wystąpienia przypadkowego fałdowania wewnątrzchromosomowego lub interchromosomalnych kontaktów terytorialnych. Tabela Analiza statystyczna kolokalizacji FISH na jądrach C28 / I2 CISTR-ACT wyraża lncRNA DA125942. Co ciekawe, znaleźliśmy wyrażony znacznik sekwencji, DA125942, z 2 eksonami nakładającymi się na CIQIT-ACT na 12q w Przeglądarce Genomu UCSC. DA125942 reprezentował niepolenadenylowany lncRNA o długości 581 bp (Suplementowa Figura 4). Szybka amplifikacja zakończeń cDNA (RACE) potwierdziła transkrypt o pełnej długości w komórkach C28 / I2. Aby określić, czy transkrypcja DA125942 była niezależna od zewnętrznego promotora i regulatora, skonstruowaliśmy wektor pozbawiony sekwencji regulatorowych (pGL-luci) i dodano re18527, CISTR-ACTS lub CISTR-ACTF sam lub w połączeniu. Za pomocą ilościowego RT-PCR obserwowaliśmy wysoce regulowany w górę DA125942 w komórkach C28 / I2 transfekowanych za pomocą CISTR-ACTF (Figura 4A). Wynik ten sugerował dwie koncepcje: po pierwsze, CISTR-ACTF kryje wewnętrzny promotor kierujący transkrypcją; i po drugie, dojrzały DA125942 wynika ze splicingu. Kim i wsp. Opisali podobne obserwacje (18). W przerwanych plazmidach CISTR-ACTS, DA125942 nie ulegał ekspresji, a re18527 negatywnie wpływał na ekspresję DA125942 (Figura 4A). Figura 4DA125942 transkrypcja i zależna regulacja SOX9, DA125942 i PTHLH. (A) CISTR-ACTS i CISTR-ACTF, z lub bez re18527, wklonowano w promotor i regulator pozbawiony plazmidu (pGl2-luci)
[przypisy: olx nowogard, medeor leszno, calmapherol ]