Interferon Regulatory Factor 6 (IRF6) Warianty genów i ryzyko izolowanej rozszczepu wargi lub podniebienia cd

Polimorfizm V274I genotypowano za pomocą specyficznej dla allelu kinetycznej reakcji polimerazy. 10 Genotypowanie dla wszystkich innych markerów przeprowadzono przy użyciu analizy TaqMan (Applied Biosystems). Dodatkowe polimorfizmy pojedynczego nukleotydu w regionie genomowym IRF6 znaleziono przez sekwencjonowanie genu, podczas gdy inne polimorfizmy pojedynczego nukleotydu w regionie otaczającym IRF6 wybrano na podstawie lokalizacji, z wykorzystaniem internetowego narzędzia badawczego Celera Discovery System (Applied Biosystems). ). Testy genotypowania uzyskano z Applied Biosystems, albo przez usługę Assay-on-Demand, w przypadku 6 wcześniej zidentyfikowanych polimorfizmów, albo przez usługę Assay-by-Design, w przypadku 29 dodatkowych testów, dla których dostarczyliśmy sekwencje ( Tabela dodatku dodatkowego, dostępna wraz z pełnym tekstem tego artykułu na stronie www.nejm.org). Reakcje przeprowadzono przy użyciu standardowych warunków, określonych przez producenta, i przeprowadzono w dwóch powtórzeniach w celu potwierdzenia wyników. Genotypowanie do badań rodzinnych przeprowadzono w Centrum Badań Chorób Dziedziczonych za pomocą zestawu przesiewowego Marshfield Genetics wersja 9 mikrosatelitarnych markerów powtórzeń (www.cidr.jhmi.edu). Sekwencjonowanie
Sekwencjonowaliśmy 23 kbp regionu genomowego IRF6 24 osób – 20 filipińskich osobników z rozszczepem wargi lub podniebienia, którzy mieli dwa allele walinowe (V) (wskazujące na wysokie ryzyko) w miejscu V274I, 2 filipińskie podmioty z rozszczepem wargi lub podniebienia, które miały dwa allele izoleucynowe (I) (wskazujące na niskie ryzyko) w miejscu V274I i 2 nieobjęte kontrolą osoby pochodzenia europejskiego. Dokonaliśmy również sekwencjonowania eksonów 160 innych osób (80 Filipińczyków i 80 Iowan) z izolowaną rozszczepem wargi lub podniebienia.
Niekodujące regiony genomowe kontrolujące ekspresję genów są w coraz większym stopniu zaangażowane w wywoływanie złożonej choroby, a regiony regulatorowe mają tendencję do zachowywania sekwencji DNA wśród gatunków. Dlatego zsekwencjonowaliśmy trzy regiony składające się z 200 do 300 pz z homologią do genomu myszy (gdzie homologia jest określona jako większa niż 75 procent identyczności ponad co najmniej 100 pz), położone w przybliżeniu 81 kbp, 103 kbp i 117 kbp 3 od IRF6. . Sekwencje te uporządkowaliśmy w panelu osób z rozszczepem wargi lub podniebienia z Filipin (113 osób) i Iowa (93 podmioty), 140 osób kontrolnych z Filipin i 96 próbek w panelu różnorodności CEPH. Wszystkie reakcje sekwencjonowania przeprowadzono przy użyciu zestawu do sekwencjonowania cyklicznego (ABI Prism BigDye Terminator, Applied Biosystems).
Analiza statystyczna
Wstępne analizy
Przeanalizowaliśmy dziedziczenie każdego znacznika IRF6 we wszystkich rodzinach, korzystając z oprogramowania PedCheck15 w celu przetestowania niespójności spowodowanych nieprawidłowościami lub innymi błędami. Do analizy sprzężeń częstości alleli oszacowano na podstawie osób, które nie miały wpływu na wczesne generacje badanych rodzin (założycieli). Parametry modelu genetycznego oparto na wynikach analiz segregacji rodzin z izolowanym rozszczepem wargi lub podniebienia chińskich rodzin, 16 indyjskich rodzin, 17 i filipińskich rodzin (niepublikowane dane).
Testy porównawcze Hardy ego-Weinberga i Case-Control Comparisons
Wyniki analizy nierównowagi transmisyjnej mogą być stronnicze, jeśli występują odchylenia od równowagi Hardy ego-Weinberga (gdzie spodziewaną liczbę osobników o różnych genotypach można przewidzieć na podstawie częstotliwości poszczególnych wariancji)
[więcej w: izotek opinie, zespół guillaina barrego, nykturia ]
[patrz też: krążek międzykręgowy, kregozmyk, krioglobulinemia ]