Interferon Regulatory Factor 6 (IRF6) Warianty genów i ryzyko izolowanej rozszczepu wargi lub podniebienia ad

Fenotyp zespołu Van der Woude a bezpośrednio pokrywa się z izolowanym rozszczepem wargi lub podniebienia, w tym rozpadlinach są typowe i towarzyszą mu jamki w dolnej wardze tylko w około 85 procentach przypadków zespołu.4 Tak więc 15 procent przypadków zespołu Van der Woude a mogą być klinicznie nie do odróżnienia od izolowanej wargi rozszczepu lub podniebienia. Niedawno donieśliśmy, że mutacje w genie dla czynnika regulacyjnego 6 interferonu (IRF6) powodują syndrom Van der Woude a. Podczas wyszukiwania genu pod kątem mutacji, zidentyfikowaliśmy również powszechny wariant polimorficzny, w którym izoleucyna zastąpiła walinę w pozycji aminokwasowej 274 ( V274I) w domenie wiążącej białko IRF6. Ponieważ walina znaleziona w tym miejscu w IRF6 jest silnie konserwatywna wśród gatunków, postawiliśmy hipotezę, że ten wariant może wpływać na funkcję genu i przyczyniać się do rozszczepu wargi lub podniebienia. W obecnym badaniu ocenialiśmy V274I i inne polimorfizmy w IRF6 u dużej liczby chorych i ich rodzin z 10 populacji na całym świecie, a także u osób kontrolnych, w celu ustalenia, czy są one związane z rozszczepem wargi i podniebienia . Metody
Przedmioty
Tabela 1. Tabela 1. Podsumowanie wszystkich rodzin analizowanych w badaniach skojarzeń i wszystkich grup kontrolnych. Przedmioty, które badaliśmy podsumowano w Tabeli 1. Ogółem przebadaliśmy 8003 osoby; 6755 było członkami rodzin, które obejmowały co najmniej jeden podmiot z rozszczepem, podczas gdy pozostałe 1248 pochodziło z rodzin bez historii rozszczepienia. Rodziny z rozpadlinami z 1968 r. Miały przodków w Azji Wschodniej (populacje w Japonii, Wietnamie, Chinach i na Filipinach), przodków w Ameryce Południowej (w Brazylii, Kolumbii i Ameryce Łacińskiej, w Estudio Colaborativo Latino Americano de Malformaciones Congénitas [ECLAMC] ), przodków w Europie (Dania i Stany Zjednoczone [Iowa]) oraz przodków w Indiach. Siedem z dziesięciu populacji zostało opisanych wcześniej, przynajmniej w części 6.-13 Osoby z rozpadlinami, członkami ich rodzin i nietkniętymi kontrolami z Japonii, Wietnamu i Brazylii zostały zidentyfikowane jako część naszych badań genetycznych i środowiskowych przyczyn pękania . Wszystkie osoby z rozszczepem były badane pod kątem obecności związanych z nimi anomalii lub zespołów, a tylko te, które zdecydowały się na wyizolowaną rozszczep wargi lub podniebienia zostały włączone do tego badania. Badanie zostało zatwierdzone przez komisje ds. Przeglądu instytucjonalnego na Uniwersytecie w Iowa i na Uniwersytecie w Pittsburghu, a pisemną zgodę uzyskano od każdej osoby uwzględnionej w badaniu. W większości przypadków pobrano krew pełną do analizy genetycznej i przetworzono ją przy użyciu zestawu do izolacji DNA (QIAamp, Qiagen). Gdy pobieranie krwi nie było możliwe, DNA oczyszczono z wymazu z jamy ustnej.
Do analizy filipińskich poddanych wykorzystano 184 filipińskie matki, których dzieci nie były dotknięte chorobą, jako kontrole 387 osób z rozszczepem wargi lub podniebienia (probantów). Porównania przypadków z kontrolami niespokrewnionymi przeprowadzono również dla populacji indyjskiej (95 osób dotkniętych chorobą i 40 osób kontrolnych) oraz populacji chińskiej (160 osób dotkniętych chorobą i 24 osoby kontrolne). Ponadto, zebrano 1064 próbek DNA reprezentujących 51 populacji o różnym pochodzeniu (panel CEPH Human Genome Diversity Cell Line) uzyskanych z Centre d Etude du Polymorphisme Humain (CEPH), w celu obserwacji częstotliwości alleli na świecie.
Genotypowanie
Oznaczenie genotypu w odniesieniu do polimorfizmów pojedynczych nukleotydów przeprowadzono zgodnie z jednym z dwóch protokołów na automatycznym systemie detekcji sekwencji (ABI Prism 7900HT, Applied Biosystems)
[hasła pokrewne: sartany, śluz z odbytu, jaglica ]
[przypisy: konchoplastyka, evra ulotka, kozieradka zastosowanie ]