Interferon Regulatory Factor 6 (IRF6) Warianty genów i ryzyko izolowanej rozszczepu wargi lub podniebienia ad 8

Haplotypy o częstotliwości przekraczającej procent w filipińskich triadach rodzica z dzieckiem (panel górny) i połączonych triadach duńskich i idz (panel dolny). W przypadku badanych filipińskich analiza haplotypów obejmowała tylko polimorfizmy pojedynczego nukleotydu (SNP) o wartości P <0,009 dla testu powiązania rodzinnego w tej populacji. W przypadku triad duńskich i Iowan analiza obejmowała genotypy wszystkich siedmiu polimorfizmów pojedynczego nukleotydu. Dla każdego haplotypu ciemnoniebieski reprezentuje wspólny allel przy każdym polimorfizmie, a jasnoniebieski - rzadki allel. Wartości P są pokazane dla wszystkich haplotypów o częstotliwości większej niż 0,04; znak plus wskazuje pozytywne powiązanie, a znak minus ujemne powiązanie. Oprócz uzyskania wyników braku równowagi transmisji dla poszczególnych polimorfizmów pojedynczych nukleotydów, przeprowadziliśmy analizę transmisji i nierównowagi za pomocą danych haplotypów. Haplotypy zbudowane z dwóch lub więcej loci polimorfizmu pojedynczych nukleotydów mogą zwiększać zawartość informacji (heterozygotyczność) lokusu i zwiększać moc badania poprzez generowanie dużej liczby rodzin, które mogą być analizowane. Rycina 4 podsumowuje wyniki dla wszystkich haplotypów z częstością przekraczającą procent w populacji filipińskiej lub populacji pochodzenia europejskiego (duński lub Iowan). Dane uzyskano z 296 filipińskich triad rodzica i dziecka, a haplotypy przedstawiono dla dziewięciu polimorfizmów pojedynczego nukleotydu, które definiowały haplotypy. Haplotyp składający się ze wszystkich powszechnych alleli przy każdym pojedynczym nukleotydowym polimorfizmie (szacowana częstotliwość haplotypu, 46 procent) miał najbardziej znaczące zniekształcenie transmisyjne (P <0,001). Europejskie wyniki haplotypu uzyskane w 108 Iowan i 184 duńskich triadach oparte są na czterech polimorfizmach pojedynczego nukleotydu, które definiowały te haplotypy. Haplotyp składający się z powszechnego allelu przy każdym pojedynczym nukleotydowym polimorfizmie (częstość 53,8 procent w populacji Iowan i 54,0 procent w populacji duńskiej) był znacząco związany z pękaniem (P = 0,04 w populacji Iowan, P = 0,006 w języku duńskim populacja).
Rysunek 2 pokazuje ilorazy szans dla powiązanych haplotypów w próbkach z Filipin, Iowa i Danii. Nierachnowagę sprzężeń oceniono dla wszystkich markerów i przedstawiono graficznie oraz w postaci liczbowej na rys. 2 i w tabeli 6 Dodatkowego dodatku. Wyniki te sugerują, że istnieje długi blok nierównowagi sprzężeń rozciągający się od około 40 kbp w kierunku 5 od IRF6 do co najmniej 100 kpz 3 genu. Jest to zgodne z blokadą nierównowagi sprzężeń widocznej wokół IRF6 w europejskich próbkach użytych do skonstruowania mapy haplotypów HapMap, która opisuje wspólne wzorce genetycznej zmienności u ludzi (www.hapmap.org).
Dla porównania podmiotów filipińskich z rozszczepem wargi lub podniebienia z kontrolami populacyjnymi oszacowane ryzyko przypisywalne wyniosło 11,6 procent. To przypisywane ryzyko opiera się na założeniu, że czynnik ryzyka jest przyczynowy i nie jest skorelowany z innymi czynnikami ryzyka, dlatego należy go interpretować ostrożnie.
Aby dalej scharakteryzować działanie allelu V związanego z pękaniem przy V274I, wykonaliśmy analizę genotypowo-dyspersyjną genotypu za pomocą oprogramowania do testowania powiązań rodzinnych dla całego zestawu danych
[podobne: jaglica, torbiel pilonidalna, jula zęby ]
[patrz też: kody chorób, medeor leszno, opokan ulotka ]