Interferon Regulatory Factor 6 (IRF6) Warianty genów i ryzyko izolowanej rozszczepu wargi lub podniebienia ad 7

Grubość prętów jest proporcjonalna do liczby osób. Gdy uwzględniliśmy jedynie rodziny jądrowe probantów z każdej z rozszerzonych rodzin w analizie przenoszenia i nierównowagi, widzieliśmy ten sam wzór wyników – czyli związek między allelem V a stanem dotkniętym (z wyjątkiem rodzin, w których proband miało rozszczep podniebienia [dane nie pokazane]). Analiza populacji ECLAMC za pomocą testu współczynnika prawdopodobieństwa nie wykazała żadnych zniekształceń transmisji w odniesieniu do V274I. Figura 2 podsumowuje iloraz szans oszacowany w rodzinach jądrowych probantów w każdej populacji i każdej regionalnej grupie populacyjnej.
W schematach asocjacyjnych nie było różnic zależnych od rodziców (dane niepokazane). Testy przeniesienia i nierównowagi przeprowadzone dla próbek kontrolnych (wykonanych przez nienaruszone rodzeństwo z rodzin probantów) nie ujawniły żadnych znaczących zniekształceń transmisji (dane nie przedstawione), z wyjątkiem populacji chińskiej, w której status nietknięty był nieznacznie związany z allelem I . Oznacza to, że nie znaleźliśmy żadnych dowodów na ogólne odchylenie w kierunku allelu V.
Ryc. 3. Ryc. 3. Stopień przesłonięcia polimorfizmów pojedynczego nukleotydu IRF6 u filipińskich pacjentów z rozszczepem wargi lub podniebienia. W panelu A wskaźnik transmisji każdego allelu, dla którego wskaźnik wynosi 50 procent lub więcej, przedstawiono dla każdego z 36 polimorfizmów pojedynczego nukleotydu badanych w 296 triadach rodziców i dzieci z Filipin. Warianty, dla których stopień zniekształcenia transmisji był znaczący (P <0,01) zaznaczono ciemnoniebiesko. W panelu B, wartości P dla związku między każdym z 36 badanych polimorfizmów pojedynczego nukleotydu i stanem dotkniętym chorobą są wykreślane zgodnie z ich lokalizacją na chromosomie 1. Wartości P dla polimorfizmów są pokazane jako niebieskie kółka, z wartością P dla V274I pokazano na czerwono. Regiony homologii myszy, które zostały zsekwencjonowane, są oznaczone kolorem pomarańczowym w odniesieniu do tych markerów.
W przypadku 296 filipińskich triad rodziców-dzieci, w których dziecko miało rozszczep wargi lub podniebienia, przeprowadziliśmy analizę transmisji i nierównowagi oraz obliczenia stopnia nadtransdukcji V274I, 8 dodatkowych polimorfizmów pojedynczych nukleotydów w genie IRF6, 10 polimorfizmów pojedynczego nukleotydu, które flankować IRF6 w odległości do 80 kbp w kierunku 5 i 17 polimorfizmów pojedynczego nukleotydu w odległościach od 10 do 200 kpz w kierunku 3 (Figura 1). Dziewięć z tych markerów (oznaczone 12, 16, 17 [V274I], 19, 22, 25, 27, 28 i 29 na Figurze 1) było istotnie związanych z rozszczepem (P <0,01). Figura 3A podsumowuje wyniki, pokazując stopień nadpransmisji, wyrażony jako procent powyżej oczekiwanego 50 procent dla allelu, każdego z 36 przeanalizowanych polimorfizmów pojedynczego nukleotydu. Figura 3B pokazuje wartości P otrzymane z analizy braku równowagi transmisji dla każdego z 36 polimorfizmów pojedynczego nukleotydu, wykreślone według lokalizacji fizycznej w odniesieniu do IRF6. (Dane asocjacyjne dla wszystkich markerów można znaleźć w Tabeli 5 Dodatku Dodatkowego.)
Wyniki analizy Haplotype-Transmission
Rysunek 4. Rysunek 4
[więcej w: kość łódeczkowata, mikroelementy i makroelementy, tonsillektomia ]
[patrz też: calmapherol, kobalamina, kod choroby ]