Interferon Regulatory Factor 6 (IRF6) Warianty genów i ryzyko izolowanej rozszczepu wargi lub podniebienia ad 5

Co więcej, ponieważ generalnie generuje szerszy przedział ufności niż model efektów stałych, model efektów losowych jest bardziej zachowawczy.31 Analizy polimorfizmów pojedynczego nukleotydu i stowarzyszenia haplotypów
Trzydzieści sześć polimorfizmów pojedynczego nukleotydu (9 w IRF6, 10 w obrębie 100 kbp 5 IRF6 i 17 w obrębie 3 genu 200 pbp) zostało przebadanych w 296 triad (składających się z chorego i jego rodziców) z Filipiny. Dane genotypowe były dostępne dla siedmiu polimorfizmów pojedynczych nukleotydów w IRF6 dla 108 triad z Iowa i 184 triad z Danii. Indywidualne wartości dla związku z rozszczepem wargi lub podniebienia zostały obliczone przy użyciu oprogramowania Family Based Association Test dla każdego z markerów jedno-nukleotydowo-polimorficznych, typowanych w populacjach filipińskich i europejskich. Statystyki oparte na haplotypach i braku równowagi transmisji zostały również obliczone przy użyciu haplotypowej wersji testu.27,32 Zastosowano algorytm maksymalizacji oczekiwań w celu określenia haplotypów i oszacowania częstotliwości haplotypów; Wówczas oceniano zniekształcenie przekładni.
Odpowiednie ryzyko
Oceniliśmy przypisywane ryzyko związane z allelem IRF6 – to znaczy odsetkiem przypadków rozszczepu wargi lub podniebienia w populacji, które można przypisać allelowi V. Ryzyko przypisywane jest funkcją ryzyka względnego (RR) i prawdopodobieństwa narażenia, biorąc pod uwagę, że dana osoba ma chorobę (P [E | D]). Obliczyliśmy szacunkowe ryzyko przypisania (AR) zgodnie ze wzorem AR = {(P [E | D]) (RR-1)} ÷ RR, stosując iloraz szans jako oszacowanie ryzyka względnego.
Wyniki
Struktura i lokalizacja genu
Rysunek 1. Rysunek 1. Schemat lokalizacji genu IRF6. Kolor niebieski oznacza regiony kodujące i żółte nieulegające translacji regiony. Polimorfizm V274I (ponumerowany 17) pokazano na czerwono. Czarne strzałki i liczby wskazują położenie polimorfizmów pojedynczych nukleotydów; zostały one wykorzystane do określenia genotypów w triadach rodzic-dziecko w populacji Filipińczyków, populacji europejskiego pochodzenia (duński lub Iowan) lub obu.
Strukturę genu IRF6 z jego granicami intron-egzon, regionami flankującymi i lokalizacją każdego analizowanego polimorfizmu pojedynczego nukleotydu pokazano na rysunku 1.
Częstotliwości alleli i porównania przypadków
Tylko genotypy pochodzące z populacji w Brazylii wykazały znaczne odchylenie od równowagi Hardy ego-Weinberga (P <0,001). Populacje brazylijskie mają wysoki stopień domieszki dzięki obecności grup o różnym rodowym pochodzeniu (południowoamerykańska, indyjska, afrykańska i europejska), które mogą stanowić odpowiedź na ten wynik.13 Próbki z panelu różnorodności CEPH zostały również genotypowane na V274I polimorfizm (tabela 2 dodatku dodatkowego). Żaden z Afrykanów w tym panelu nie posiadał allelu izoleucyny (I). Allel V jest obecny w szympansie (Pan troglodytes), co wskazuje, że allel V jest prawdopodobnie przodkowym allelem w Homo sapiens.
Wyniki analizy sprzężeń
Dwupunktowe oceny lod (między dwoma sąsiednimi markerami) dla sprzężenia z IRF6 były ujemne lub słabo pozytywne w każdej z populacji przy każdej wartości badanej frakcji rekombinowanej
[podobne: izotek opinie, tonsillektomia, jaglica ]
[patrz też: eurodent gorzów, klasterowe bóle głowy, klasyfikacja chorób ]