dariusz nowak kardiolog bydgoszcz

Wariant ETS 4 (ETV4) jest zaangażowany w wyrastanie kończyn iw przedni-tylny wzór autopodu (37). Geny HOXB HOXB3, HOXB5 (3 HOXB7 i HOXB8 (dane niepokazane) i kod genetyczny HOXC dla czynników transkrypcyjnych zaangażowanych w różne procesy morfogenetyczne, w tym tworzenie kończyn (38, 39). Żaden z genów HOXC nie ulegał ekspresji różnicowo. Osteoprotegeryna (TNFRSF11B) i receptor witaminy D (VDR) utrzymują gęstość mineralną kości w osteoblastach (40). Gromada HOXB, ETV4, NOG i SOX9 były zlokalizowane na chromosomie 17, co wskazuje na kilka regulacji genów za pośrednictwem DA125942. DA125942 u pacjentów z BDE i jego wiązanie w loci PTHLH i SOX9. Zbadaliśmy, czy 2 niezależne translokacje na 12p wpłynęły, obok regulacji w dół PTHLH, odległe wyrażenia DA125942 i SOX9 u pacjentów z BDE. Stwierdzono istotną regulację w górę DA125942 w chondrogenicznie zróżnicowanych fibroblastach pacjentów z BDE z t (8; 12) lub t (4; 12) (ryc. 4, E i F). SOX9 był marginalnie, ale nie znacząco, obniżony (P = 0,059, Suplementowa Figura 7A). Następnie zajęliśmy się tym, czy DA125942 zajmował loci PTHLH i SOX9 i czy interakcja została zmieniona w translokacjach t (8; 12) i t (4; 12). Zastosowano ostatnio opisaną izolację chromatyny metodą oczyszczania RNA (ChIRP) z zestawami i 2 z rozciętą sondą, układając płytki DA125942 (około 80% płytek) na chromatynie C28 / I2 i chondrogenowo zróżnicowanych fibroblastach BDE (41). W przypadku qPCR wymywaliśmy RNA w celu oznaczenia wzbogacenia lncRNA i DNA w celu wykrycia obecności DA125942 w loci PTHLH lub SOX9; analizowano około 12 kb każdego genu. Zestaw sond przeciwko lacZ, loci GAPDH i CISTR-ACT oraz zdrowy proband służyły jako kontrole; nieprzereagowane RNA lub chromatyna stanowiły kontrolę wejściową. DA125942 był 1- do 5,6-krotnie wzbogacony w porównaniu z wejściem. Zgodnie z oczekiwaniami w chromatynie od pacjentów z BDE uzyskano więcej lncRNA; GAPDH i lacZ nie zostały wykryte (Figura 4G). Ponieważ obłożenie lncRNA w genomowych loci nie jest dobrze poznane, przeanalizowaliśmy niskie i wysoce konserwatywne sekwencje intronowe, egzoniczne i promotorowe, szczególnie w regionach TFBS z adnotacją ENCODE. Wykryliśmy wiązanie DA125942 w wyeluowanym DNA C28 / I2 w loci PTHLH i SOX9 (Figura 4, H i I). W qPCR ograniczonej chromatyny od pacjentów BDE, przeanalizowaliśmy najwyższe i najniższe wzbogacone pozycje, które znaleźliśmy w komórkach C28 / I2. W porównaniu ze zdrowym probandem, wiązanie się DA125942 w locus PTHLH było znacząco zmniejszone u pacjentów z BDE. chromatyna (Figura 4J). Wiązanie w locus SOX9 nie zostało znacząco zmienione (Figura 4K); loci GAPDH lub DA125942 nie zostały wykryte (dodatkowa postać 7, B i C). CISTR-ACT jest ewolucyjnie konserwowanym mechanizmem. Regiony homologiczne do ludzkiego CISTR-ACT u myszy i szczurów wykryto na podstawie sekwencji DNA, w tym transkryptów 1-egzonnnRRNA u obu gatunków (mysz, AW491522, szczur, BM385392). W filogenetycznej i porównawczej analizie TFBS przez Mulana (42, 43) stwierdziliśmy, że 121 wielokonserwowanych TFBS nakładają się na ludzi, myszy i szczury. Sekwencje lncRNA ewolucyjnie były bardziej rozbieżne (Figura 5, A i B). W przeciwieństwie do ludzkiego genomu, lncRNA AW491522 i BM385392 nie były zlokalizowane na chromosomie kodującym Pthlh (fig. 5C), co zwiększyło możliwość wyłącznie regulacji transaktywnej. Zatwierdzono mysie komórki ATDC5 i chondrocyty szczura (RCS) do zbadania chondrogenezy (44, 45). Komórki ATDC5 były chondrogenowo różnicowane przez 10 dni w celu indukowania głównych markerów chondrogennych (dodatkowa Figura 8, A i B). Ponownie zastosowaliśmy transfekcje siRNA, aby znokautować Pthlh, Sox9 i każdy lncRNA, aby zbadać, czy istnieje mechanizm związany z ekspresją odpowiadający temu, który występuje u ludzi.
[więcej w: klasyfikacja icd 10, evra ulotka, konchoplastyka ]